药物化学负责为新药研究和开发提供化学实体，属于上游学科。虽然药物化学研究生有广阔的择业空间，既可以从事与药物研究、检定、生产、销售、药房、药店以及教育相关的职业，也可以在其它更带基础性质的学科谋求发展，但择业的主体仍然是药业。与择业主体及所处的生物学时代相适应，药物化学研究生的学位论文选题通常既不会与纯化学研究相联系也不会与纯生物学研究相联系。从这种考虑出发，按照药物化学专业杂志反映的现象评估药物化学研究生的学位论文对学科发展的贡献应当比较客观。

从1990年代中美双边贸易谈判签订知识产权保护谅解备忘录，到对国外当时仍然处在专利保护期的药品实行行政保护，再到全面实施专利制度，我国新药研究与开发不仅开始了法制化进程，而且开始了开放性和创新性进程。药物化学研究在药物研究中的上游学科性质使得研究生指导教师在考虑学生的论文选题时必须兼顾产权性、开放性和创新性三个基本元素。新药研究的高科技性质和多学科性质的综合，以及新药开发的专业化性质和法规化性质的综合，造成了新药开发的长周期性质。按照我国研究生培养体制，新药开发的长周期性质与学位论文的短时限相互对立。按照我国的教育体制，高等药学院校的学科功能和基础性质造成了它的产业化功能的非主流性质，学科发展的科学性要求与产品开发的事务性要求相互对立。在多种因素共存并相互制约的情形下，药物化学研究生指导教师只能寻找平衡点。只有在这个平衡点上，论文选题的产权性、开放性和创新性三个基本元素才能兼顾，研究生培养制度、成果产业化目标和学科发展要求才能兼顾。