学术期刊论文发表中的利益冲突在实际中的表现多种多样:按涉及的对象可分为涉及作者的利益冲突、涉及编辑的利益冲突、涉及审稿人的利益冲突、涉及期刊的利益冲突、涉及资助方的利益冲突，等等;按利益冲突的内容可分为经济关系上的利益冲突、私人关系上的利益冲突、学术观点上的利益冲突、宗教信仰上的利益冲突，等等。

在利益冲突涉及的对象中，最受关注的当属涉及作者的利益冲突。当作者的个人利益与学术研究相冲突时，作者的行为和观点是否公正、是否受到各种利益的影响，都很容易引起他人质疑。研究者在研究过程中如果受到利益影响而得出倾向性的结论，违反了职业道德和科学研究规范，从而侵害到他人利益或者公众利益，这便是利益冲突发生了实际作用。这种利益冲突可以表现在实验对象选择、试验设计、病例选择、数据分析处理方法、选择性发表论文的内容等各个环节。在生物医学领域中，这方面利益冲突表现得特别突出。

此外，编辑也可能会处理到与他们自己利益有冲突的稿件，比如那些由他们自己部门或合作研究者或竞争对手所投的稿件，或者是那些处理后编辑可能在经济上获利的稿件。这种情况虽然并不多见，但是如果存在这种利益冲突，那么就存在影响编辑判断的可能性，而这也必然影响到期刊的信誉和质量。而审稿人与审稿对象之间可能存在利益冲突，则是更加常见的情况。比如，审稿人与作者在同一个单位工作，具有项目上的合作关系，有相同的师承关系，持相近或相反的学术观点，等等。这些关系就是潜在的利益冲突，可能会影响审稿人对稿件作出客观、公正的评价。按利益冲突的内容，它可分为2类:一类是非经济上的冲突，比如私人关系上、政治上的、学术上的和宗教上的冲突，都属于非经济上的冲突。例如:审稿人正在评审的稿件中的研究与他正准备投稿或发表的内容相似，可能会使他试图拖延评审直至他自己的稿件投稿被接受;审稿人对有争议的话题怀有强烈的感情，可能会使他对相关话题的稿件偏袒或有偏见，而不是依据学术价值去提出发表与否的建议;就职于同一个部门的编辑，对他们自己部门的同事投的稿件，可能需要挣扎才能作出客观的决定，因为他对自己的研究团队的学术进步负有义务。

另一类是经济上的冲突。如果个人或者组织能够从决定发表与否的决策中获得经济利益，那么潜在经济冲突就会变为现实。经济上的冲突可能包括薪水、咨询费、有经济利益的公司的研究许可、谢礼、股票或产权利益、知识产权(专利、版税、版权)，等等。