学术期刊造假行为的产生和蔓延危害巨大，主要表现在以下几方面。

1.损害被冒用期刊的声誉

由于不法分子是冒用正规学术期刊从事造假活动，并谋取非法收入，学术期刊造假行为对正规学术期刊来说损害巨大，不仅经济利益会受到影响，更重要的是其学术影响力和声誉会因造假行为而受到严重损害。

本来学术期刊出版发行是为了让更多的读者阅读并增长知识，促进学术研究，但现在却被造假者用来制假售假，而有些委托人还被蒙在鼓里，心中还以为真是通过“关系户”多交版面费就能在学术期刊上发表论文。一旦这种现象发展蔓延，就会使得被冒用的学术期刊的口碑和品牌形象荡然无存。

2.损害委托人的利益

这里所指的委托人不包括那些明知是造假行为而心存侥幸的人，因为这些人是咎由自取，不但不值得同情，而且应该受到社会谴责，情节严重的甚至要追究其法律责任。这里的委托人是指有些不明真相的作者，特别是那些论文的学术水平本身很不错的作者，即使在正规期刊上也能顺利发表，但就因为中了造假者的圈套，为了评职称或研究生毕业而急于发表论文，并轻信造假者的花言巧语，付出价格不菲的版面费，委托造假者去联系论文的发表事宜。虽说对这些委托人也应该说服教育，但对他们来说，上当受骗已成事实，除了经济损失，更重要的是想要发表的论文没有真正刊登出来，没有得到想要的结果，这样一来，他们很可能就不能顺利地评职称或毕业。

3.败坏学术研究风气

学风建设不仅关系到我国科技事业的兴衰成败，也对社会风气具有重大影响。学术腐败的危害，在某种意义上要比其他类型的腐败更隐蔽。它往往打着学术的幌子干一些为正直的知识分子所不耻的勾当。学术腐败破坏游戏规则，侵占学术资源，贪他功为己有。学术腐败实际上破坏了社会公正和学术风气，从长远来看危害极大。

创新是民族进步的动力，而造假是文明沙化的祸因，会使民族创造力衰竭，造假已被认为是21 世纪中国的文化杀手。学术期刊造假行为将加剧学术腐败，使学术界出现一种浮躁、投机、虚荣的氛围，反过来又侵袭着部分学者的良心和操行。目前，在学术研究中有很多人抛弃了严肃、严格、严谨的学术研究作风，出现短期行为、心态浮躁、求量不求质、科研欺诈等现象，部分人的实用主义、投机心态日盛，从而导致学术腐败。如果我们不能严肃对待和处理这类学术不端与腐败的行为，甚至熟视无睹、不闻不问，将不仅会使中国学术界丧失信誉，使学术丧失尊严，而且会阻碍中国学术传统和学术评价体系的建构，更会摧毁学术以及学术界本身存在所具有的意义。